2012年中国科学院超级计算中心分子模拟软件

讲习班通知(第二轮)

为普及和推广高性能计算化学软件使用、培养高性能计算化学专业人才,中科院计算机网络信息中心、理论物理研究所、清华大学、NVIDIA将于2012年9月17~20日在北京联合举办2012年分子模拟软件LAMMPS &GROMACS讲习班。


本次培训将面向LAMMPS和GROMACS软件使用、本着“理论指导实践、学以致用、加强交流”目的,利用中科院超算中心高性能计算机系统“深腾7000”所提供的一流高性能计算软硬件环境,为广大学员带来高性能计算化学的深度体验。在培训期间,我们将为广大学员提供上机实践的机会。

LAMMPS全称“大规模原子分子并行模拟器”,主要用于分子动力学相关的一些计算和模拟工作。它可支持包括气态,液态或者固态相形态下、各种系综下、百万级的原子分子体系,支持多种势函数并具有良好的并行扩展性。

GROMACS是用于研究生物分子体系的分子动力学程序包。它可以用分子动力学、随机动力学或路径积分方法模拟溶液或晶体中的任意分子,进行分子能量的最小化,分析构象等。它的模拟程序包包含GROMACS力场(蛋白质、核苷酸、糖等),研究的范围可以包括玻璃和液晶、到聚合物、晶体和生物分子溶液。GROMACS是一个功能强大的分子动力学的模拟软件,其在模拟大量分子系统的牛顿运动方面具有极大的优势。