2013年中国科学院超级计算中心分子模拟软件

NAMD讲习班通知

 为普及和推广高性能计算和分子模拟理论、培养分子模拟专业人才和软件开发人才,中国科学院超级计算中心、美国伊利诺伊大学厄巴纳-香槟分校物理系理论与计算生物物理学研究组、中国科学院生物物理研究所将于2013年10月14~17日在北京联合举办2013年分子模拟软件NAMD讲习班。


 NAMD(NAnoscale Molecular Dynamics)是由美国伊利诺伊大学厄巴纳-香槟分校理论与计算生物物理学研究组开发的一款并行分子动力学模拟计算代码,是主要用来研究大分子体系的高性能分子模拟软件。NAMD根据经典的力场理论数字解离子的运动方程研究原子的运动轨迹。其中力场包括Amber、CHARMM和Dreiding。Dreiding力场的引入使用户不仅从NAMD的高性能计算中得到实惠,而且还通过分子动力学计算预测扩散系数、结合能等重要性质。NAMD主要用来研究生物分子体系模拟,可以在高端服务器的上千个处理器上进行高性能并行计算,并行效率非常好,可以处理大分子体系。

 本次培训将面向NAMD软件使用、本着“理论指导实践、学以致用、加强交流”目的,利用中科院超算中心高性能计算机系统“深腾7000”所提供的一流高性能计算软硬件环境,为广大学员带来高性能计算化学的深度体验。我们特邀来自著名分子模拟软件NAMD软件开发团队、美国伊利诺伊大学厄巴纳-香槟分校物理系理论与计算生物物理学研究组的刘彦欣博士担任主讲教师,同时兼顾计算化学、计算生物和蛋白质研究前沿研究的热点科学问题。培训期间我们将为广大学员提供上机实践的机会。