2013年中国科学院超级计算中心分子模拟软件

NAMD & VMD讲习班通知(第二轮)

 为普及和推广高性能计算和分子模拟理论、培养分子模拟专业人才和软件开发人才,中国科学院超级计算中心、美国伊利诺伊大学厄巴纳-香槟分校贝克曼研究所理论与计算生物物理学研究组、中国科学院生物物理研究所、NVIDIA将于2013年10月14~17日在北京联合举办2013年分子模拟软件 NAMD & VMD 讲习班。


 NAMD(NAnoscale Molecular Dynamics) and VMD (Visual Molecular Dynamics)是由美国伊利诺伊大学厄巴纳-香槟分校理论与计算生物物理学研究组开发的一套广为应用的并行分子动力学模拟软件,是主要用来研究大分子体系的高性能分子模拟软件。分子动力学通过对经典运动方进行数值积分,以获得有限粒子体系的运动轨迹。VMD主要用于搭建初始原子模型和分子动力学模拟的后期分析;NAMD主要用于实现生物体系的分子动力学模拟,可以在高端服务器的几十万个处理器上进行高性能并行计算,并行效率高,适用于处理大分子体系。

 本次培训将面向NAMD软件使用、本着“理论指导实践、学以致用、加强交流”目的,利用中科院超算中心高性能计算机系统“深腾7000”所提供的一流高性能计算软硬件环境,为广大学员带来高性能计算化学的深度体验。我们特邀来自美国伊利诺伊大学厄巴纳-香槟分校NAMD软件团队的刘彦欣博士担任主讲教师,同时兼顾计算化学、计算生物和蛋白质研究前沿研究的热点科学问题。培训期间我们将为广大学员提供上机实践的机会。